作物生产系统工程是将系统论的观点引入作物生产，引导学生学习、树立作物栽培管理、品种选育、农产品质量控制的系统思想，为学生的快速成长打下良好基础。本课程包括3个层次、6个方面的内容。3层次包括：作物生产系统理论与技术、区域作物生产系统理论与技术、农田作物生产系统理论与技术；6内容包括：作物生产系统优化理论与技术、区域作物生产规划设计、作物品种系统选育理论与技术、农田作物栽培的系统管理、农田物质循环的系统分析、作物产品质量安全的系统控制。